可能です。
地図等の訂正の電子申出（オンライン申出）について（法務省）　より引用

不動産登記法（平成16年法律第123号）第14条第1項に規定する地図及び同条第4項に規定する地図に準ずる図面の訂正の申出（以下「地図訂正申出」といいます。）は、インターネットを利用して電子申出（以下「オンライン申出」といいます。）ですることができます。
オンライン申出をすることができる地図訂正申出は，当該地図訂正申出の対象である土地の登記記録の地積に錯誤があり，地積に関する更正の登記（以下「地積更正登記」といいます。）の申請と併せてしなければならないもの（不動産登記規則（平成17年法務省令第18号。以下「不登規則」といいます。）第16条第2項参照）であって、登記・供託オンライン申請システムを用いた当該地積更正登記の申請と同時に行われるものに限ります。

詳細は法務省の地図等の訂正の電子申出（オンライン申出）についてのページをご覧ください。

当システムでは登記の目的選択画面の土地＞地積更正登記の中に「地積更正登記（地図訂正）」の目的を用意しています。通常のオンライン申請書と様式が違いますので、この目的を使用してください。